Kapucyni przybyli do Lublina w 1721 r. W latach 1726-33, z fundacji Pawła Sanguszki, pochowanego później w podziemiach świątyni, oraz jego żony Anny z Lubomirskich, zbudowano dla nich kościół i klasztor. Forma zewnętrzna i wystrój obu budowli miał podkreślać surową regułę, według której żyli zakonnicy. Fasada jest skromna i harmonijna, jedyną jej dekoracją są pilastry i figury św. Piotra i Pawła.

Pożar z 1768 r. zniszczył dach i wyposażenie wnętrza, następnie zostało ono odtworzone. W 1857 r. od wschodu do świątyni dobudowano neogotycką kaplicę pw. Niepokalanego Serca Maryi, w której znajduje się wykonana z białego marmuru figura Matki Bożej autorstwa W. Oleszczyńskiego.

Wnętrze kościoła jest surowe, bez złoceń i malowideł, dębowe ołtarze nie są polichromowane. W 1864 r. kapucyni zostali przeniesieni do Łomży, w klasztorze urządzono magazyny, a kościół oddano księżom diecezjalnym. Mienie wróciło do zakonu w 1919 r.